(1) 它們都是單細(xì)胞生物。

(2) 沒(méi)有真細(xì)胞核。它的遺傳物質(zhì)只推積在細(xì)胞內(nèi)的一個(gè)區(qū)域，有被稱(chēng)為類(lèi)細(xì)胞核(nucleoid)。且遺傳物質(zhì)呈環(huán)狀。也有部份遺傳物質(zhì)成為質(zhì)粒(plasmid)存在。

(3) 沒(méi)有帶膜的胞器。包括沒(méi)有線(xiàn)粒體，葉綠體和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)。進(jìn)行細(xì)胞呼吸的[酉每]藏在細(xì)胞膜的皺摺中。這構(gòu)造稱(chēng)為間體(mesosome)。

 

在三域的分類(lèi)系統(tǒng)中，由于分類(lèi)是以核糖體核糖核酸(rRNA)的基因排序而決定。而在核糖體核糖核酸(rRNA)的基因排序上顯示不出細(xì)菌與古細(xì)菌有甚么特別相似之處。甚至發(fā)現(xiàn)它們的核糖體核糖核酸(rRNA)的基因排序近似真核細(xì)胞多于近似細(xì)菌。在遺傳密碼的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)譯所使用的[酉每]上，與真核細(xì)胞卻更為類(lèi)似。所以這類(lèi)生物就和細(xì)菌，真核細(xì)胞被分為鼎足的三域，就是古細(xì)菌域(DomainArchaea)，細(xì)菌域(DomainBacteria)和真核域(DomainEukarya)。細(xì)菌域包括了一般的細(xì)菌。古細(xì)菌域則包括了一些生活在極端惡劣環(huán)境中的細(xì)菌，如生活在高溫泉水，鹽水，或極度酸、堿的水中的細(xì)菌。起初科學(xué)家以為它們品種和數(shù)量都很少。但后來(lái)發(fā)現(xiàn)它們品種很多，存在也很廣泛，細(xì)胞膜和細(xì)胞機(jī)能上都和一般細(xì)菌有很大的分別。所以科學(xué)家就更有理由把它獨(dú)立成類(lèi)了。